Untuk menunjang aktifitas pembelajaran yang baik, MTsN Gresik menyediakan sarana umum seperti masjid, fasilitas olahraga, perpustakaan, dan kantin ramah lingkungan.
Selain pembelajaran di kelas, MTsN Gresik memberikan dukungan pada proses pembelajaran yang dapat dilaksanakan pada laboratorium IPA dan Laboratorium Komputer.
MTsN Gresik telah mengaktualisasikan budaya lingkungan di semua aspek kegiatan sekolah dalam upaya perlindungan dan pengelolaan lingkungan hidup